Skupština je najviši organ upravljanja Saveza, a čine je predstavnici svih članica Saveza, po pravilu načelnik, odnosno gradonačelnik i njihov mandat traje četiri godine. Iznimno, Skupštinu mogu činiti i drugi predstavnici po ovlaštenju načelnika, odnosno gradonačelnika. Skupština ima predsjedavajućeg i zamjenika predsjedavajućeg koji su u pravilu iz različitih konstitutivnih naroda. Predstavnici svih članova ravnopravno učestvuju u radu Skupštine i svaki član Saveza u donošenju odluka ima jedan glas.
Skupština se sastaje najmanje jednom godišnje i odlučuje o najvažnijim pitanjima za rad Saveza kako je navedeno u Članu 19.
Od osnivačke Skupštine koja je održana 29. maja 2002. godine u Mostaru, Savez je imao još jedanaest sjednica Skupštine. Od toga pet sjednica su bile izborne i šest redovnih.
Izborne sjednice Skupštine Saveza općina i gradova Federacije Bosne i Hercegovine:
- 22.03.2007. godine,
- 16.04.2009. godine,
- 07.02.2013. godine,
- 05.05.2017. godine,
- 29.092021. godine.
Redovne sjednice Skupštine Saveza općina i gradova Federacije Bosne i Hercegovine:
- 07.12.2007. godine,
- 07.05.2010. godine,
- 06.10.2011. godine,
- 09.06.2015. i 21.10. (nastavak) 2015. godine,
- 26.06.2019. godine,
- 14.06.2022. godine.
Mandat predsjedavajućeg Skupštine i zamjenika predsjedavajućeg Skupštine Saveza traje do izbora novih, nakon održanih lokalnih izbora, a u skladu sa odgovarajućom odredbom Statuta Saveza.
Na XI (Izbornoj) sjednici Skupštine Saveza općina i gradova FBiH koja je održana u Neumu 29.09.2021. godine izabran je predsjedavajući Skupštine Saveza i zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza.
Predsjedavajući Skupštine Saveza:
Suad Huskić, načelnik Općine Tešanj
Zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza:
Smiljan Vidić, gradonačelnik Grada Čapljina
______________________________________________________________________________
Na IX sjednici Skupštine Saveza općina i gradova FBiH (Izbornoj) koja je održana u Čapljini 5.05.2017. godine izabran je predsjedavajući Skupštine Saveza i zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza.
Predsjedavajući Skupštine Saveza:
Faris Hasanbegović, načelnik Općine Sanski Most (5.05.2017. - 29.09.2021.)
Zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza:
Smiljan Vidić, gradonačelnik Grada Čapljina (5.05.2017. - 29.09.2021.)